치즈가 언제 어디에서 만들어졌는지는 아무도 모른다. 다른 무수한 발명품들처럼 치즈의 제조 또한, 우연히 어떠한 공동체에서 발견이 됐으리라 추측한다. 최초로 치즈를 만들었던 사람들은 바로 최초로 가축을 사육하기 시작한 중앙아시아의 유목민들이었다. 유럽에서 처음 만들어 졌다고 생각하는데 이들 부족이 유럽 쪽으로 이동하면서 가축과 함께 치즈제조기술도 가져가게 되었다.

최초의 치즈는 가축의 젖에 있는 유산균에 의한 자연적인 젖산발효로 얻는 일종의 프레쉬 치즈였는데 그 배경은 아침에 짜두었던 귀중한 젖을 남겨둔 채 한나절이 지나면 덩어리가 되면서 신 냄새가 났다. 가축의 젖이 귀한 식량이었던 시대에 그냥 버릴 수가 없어 먹어봤더니 병이 나거나 탈이 나지 않았다.
그래서 덩어리는 건져먹고 남은 액체는 갈증을 없애주는 음료가 되었다. 이렇게 해서 프레쉬 치즈의 역사가 시작되었다. 12,000년 전에는 양이 가축농사의 주였으며, 고대 이집트에서 젖소를 길렀음을 문헌을 통해 알 수 있다. 이렇게 방목되던 가축으로부터 우유를 얻고, 그 부산물로 치즈가 생겨난 것으로 추정된다. 그 당시에는, 우유를 보관하였던 용기들이 동물의 가죽이나 나무통, 깨끗하지 못한 토기 등이어서 새로 짠 우유들은 상당히 빠른 시간 내에 시큼해지면서 부패하였다. 그래서 사람들은, 다음 단계로 아주 간단한 생치즈를 만들기 위해 Curd(응고한 덩어리)에서 위에 떠있는 Whey(유장-젖에서 지방과 단백질을 빼고 남은 성분)를 분리했다. 이 당시의 초기 치즈들은 Rennet을 사용하지 않았으므로 상당히 산도가 높고 톡 쏘는 시큼한 맛이 강했다. 시큼한 맛을 제거하기 위해 Rennet을 사용하는 것은 치즈 제조역사상 가장 큰 발전 단계였다.

정확하게 언제 이 Rennet이 사용되기 시작했는지는 알려지지 않았지만, 약 4000년 전의 한 전설에 의하면 카나나(Kanana)라 불리는 고대 아라비아의 행상이 먼 길을 떠나면서 양의 위로 만든 주머니에 염소의 젖을 넣어서 사막을 횡단하였는데, 하루의 여행을 마치고 밤에 주머니를 열어보니 염소젖이 물과 같은 액체와 흰 덩어리로 변해 있는 것을 발견하게 되었다. 양이나 송아지의 위 점막 에는 천연 응유효소인 레닌(rennin)이 있는데, 이 주머니에 남아있던 레닌이 젖을 응고시켰던 것이다.그 시작이 어찌되었든 레닌의 사용은 치즈제조기술이 다양화되어 BC 3~4세기경 치즈의 제조는 훨씬 더 기술적인 면으로 발전을 하였다. 특히 로마 시대, 유럽에서는 Rennet을 첨가함으로써 치즈를 Molding하고 Pressing하는 기술이 지금의 Hard Cheese를 만드는 과정과 동일하게 전수되었다. Hard Cheese의 제조방법을 완성한 고대 로마인들은 그 기술을 유럽에 전파했다.

생젖을 싫어한 로마인들은 염소젖이나 양젖으로 치즈를 만들어 먹었는데 응고 제로는 무화과즙을 사용했다. 레닛을 사용하게 되면서 치즈제조기술은 더욱 발달해 기원전 1세기에는 다양한 종류의 치즈가 만들어졌다.

유적에 나타난 치즈의 흔적을 보면 치즈의 시작을 알려주는 흔적이 비슷한 시기에 여러 지역에서 발견되고 있다. 스위스의 뇌프샤텔 강가나 이탈리아의 포강 유역에서 치즈를 만들기 위해 사용했으리라 생각되는 작은 구멍이 많이 뚫린 토기들이 발견되었는데, 이 토기들은 기원전 3000년경의 것으로 추정되고 있다.
치즈에 대한 최초의 문서 기록은 메소포타미아 문명의 고대 주민인 수메르인 들이 작성한 점토판 문서이다. 수메르인 들은 설형문자를 사용해 여러 가지 치즈의 생산량을 자세히 기록하였는데, 이것이 기원전 3000-2500년의 것이다. 또한 이집트에서도 치즈 제조 용기로 생각되는 토기들이 출토되었는데, 이것들도 비슷한 시기의 것으로 추정되고 있다. 우리가 쉽게 접할 수 있는 성경을 통해서는 팔레스타인 지방의 치즈 역사를 알 수 있는데, 욥기 10장 10절에(BC 1520경) 그리고 사무엘 상 17:18, 사무엘 하 17:29(BC 1170-1017)를 보면 치즈에 관한 기록을 볼 수 있다.

고대 그리스의 치즈는 일찍부터 북유럽인들 과 마찬가지로 고대 그리스인들이나 로마인들 역시 치즈를 만들어 먹었으며 중요하게 여긴 것으로 알려져 있다. 고대 그리스의 치즈 역사는 유명한 작가나 철학자들을 통해 알 수 있는데, 그 중 가장 대표적인 것이 바로 호메로스가 쓴 서사시 ‘오딧세이’이다. 여기에는 동굴에 숨은 율리시스가 외눈박이 거인이 소와 염소의 젖을 짜서 응고시키고, 훼이(whey,유청)를 따라낸 후 등나무로 짠 바구니에 담아 두는 것을 보았다고 써 있다. 또한 그리스의 위대한 철학자인 아리스토텔레스나 플라톤, 의학자 히포크라테스 등도 치즈의 영양에 대해서 언급하였다. 그 외 당대의 희곡이나 그리스 신화에도 치즈에 대한 이야기가 등장하고 있어 고대 그리스 시대에 치즈는 매우 일상적이면서도 중요한 식품이었음을 알려주고 있다.

한때 치즈제조기술이 사라지는 시기가 있었는데, 로마제국이 붕괴된 이후, 유럽은 노르만, 몽고, 사라센 등 주변 민족의 침범과 페스트 등의 전염병으로 대륙 전체가 암흑기를 맞게 되었다. 이런 어려운 시기를 겪으면서 수천 년 동안 내려오던 전통적인 치즈제조기술은 점차 사라지게 되었으나 산 속이나 수도원에서 그 명맥을 유지하게 되어 전통적인 치즈 제조기술이 오늘날까지 전해 내려올 수 있었다. 이렇게 수도원에서 만들어졌던 치즈로 오늘날까지 유명한 치즈에는 웬즐리데일(Wensleydale, 영국)이나 티드 드 무안(Tete de Moine, 스위스)등이 있으며, 포르 살뤼(Port-Salut)나 마르왈(Maroilles)같은 유명한 프랑스 치즈들은 처음 만들어졌던 수도원에서 그 이름이 유래되었다. 이렇게 수도원에서는 치즈 제조 기술을 잘 전수하고 더욱 발전시켜 새로운 치즈들을 개발해내었으며, 수도사들은 치즈 제조기술을 인근 농민들에게 알려주어 오늘날 치즈의 뿌리를 이루게 되었다.

로마 병사들은 매일 같은 양의 치즈와 빵 한 조각, 와인 한잔, 소금 한 덩어리를 공급 받았다. 저장과 이동이 편리한 하드치즈는 로마 병사들의 중요한 식량이었다. 따라서 로마 병사들이 주둔했던 곳마다 치즈와 와인의 제조가 따르게 되면서 유럽 전역에 퍼져 나갔다. 중세기에는 종교 재단들이 유럽 전체를 통하여 농경문화의 중심을 이루었으며, 육식생활이 금기시되었던 초반기에는 치즈가 아주 중요한 자리를 차지하게 되었다. 신앙심이 깊은 신자들의 집이나 농장에서는 특히 그들의 단조롭고 한정된 식사를 만족시켜주기 위하여 다양한 스타일의 치즈를 개발해내었다.

중세기 후반부터 19세기 말까지 유럽 여러 나라에서 치즈 제조법이 발전되면서 독특한 분야로 나뉘어 지기 시작했다. 예를 들면 산악 지대인 스위스와 언덕과 계곡이 많은 영국은 하드치즈가 발달되었고, 반대로 프랑스와 이탈리아 같은 지역은 소프트치즈가 더욱 발달이 되었다. 특히 경제적으로 부유한 도시 인구가 늘어가면서 치즈의 무역 또한 활발히 이루어졌고, 국제적인 무역이 활발해지기 시작했다. 특히, 식민지를 통해 치즈의 제조법이 신세계에 급속도로 번져나갔다. 그러는 가운데, 냉장고가 발명되고 프랑스의 미생물학자인 Louis Pasteur가 저온살균방식을 발명함으로써 1850년 전 까지만 해도 살균, 소독되지 않은 우유로 만들어졌던 치즈의 제조법에 가장 큰 변화가 일어났다. 살균되지 않은 우유는 미생물들을 함유하고 있기 때문에 치즈 생산자가 아주 조심하지 않으면, 금방 치즈가 상할 뿐만 아니라, 그 치즈를 먹은 이들이 식중독을 일으키게 되는 경우가 많다. 그러한 이유로, 치즈의 제조에는 항상 까다로운 노고가 따랐었다. Pasteur 처리를 하고 나면 우유 안에 있던 젖산균과 효소들이 대부분 죽기 때문에 치즈를 만들 때 정제된 유산균을 똑같이 주입하게 된다. 물론 위생적인 면은 보장되겠지만 이렇게 만들어진 치즈는 본래의 생명력이 있는 맛이 사라진, 마치 복사기로 찍어낸 듯한 일률적인 맛을 지니게 되는 것이다. 덴마크나 독일, 네덜란드 등의 국가에서는 치즈제조에 반드시 Pasteur유를 사용하도록 법적으로 제한하고 있다.

Pasteur에 의하여 치즈의 생산은 양적으로나 질적으로나 월등한 향상을 이루었다. 각각 다른 지역과 다른 종의 우유를 섞는 일도 흔해졌으며 다양한 스타일의 치즈를 훨씬 수월하게 만드는 계기가 되었다. 최근의 100년 동안, 이러한 기술, 과학적인 발전에 힘입어, 소단위 농장을 벗어나 커다란 치즈 공장들이 많이 생겨났으며 작은 규모의 전통을 중시한 생산자들을 앞서가기 시작했다. 하지만 여전히 소규모로 만들어진 전통 자연 치즈의 맛과 향은 다른 어떤 치즈가 따라올 수 없는 뛰어난 가치를 지니고 있다.
치즈의 공업적인 생산은 1851년 윌리엄스가 미국의 뉴욕주에 소규모 체다 치즈공장을 설립하면서, 공장 생산은 1870년경 덴마크의 한샘이 정제 레닛을 생산하여 시판하면서부터 활성화되었다.
가공 치즈는1911년 스위스에서 최초로 개발되었으나 유럽에서는 관심을 끌지 못하였고, 1916년 미국 크래프트사가 제조한 이래 수요가 늘기 시작하여 오늘날 치즈 생산량의 80 % 이상을 차지하고 있다. 20세기 후반에는 유럽의 여러 나라들이 자국의 전통 치즈를 보호하기 위해 원산지 보증 인증을 시작 하였다.